Cartes Covid-19: sources, méthodes, légendes

Éric Guichard

Sources

• Les données mondiales pour les morts et confirmés proviennent du Center for Systems Science and Engineering (CSSE) de JHU (John Hopkins University (https://systems.jhu.edu), plus précisément de leur entrepôt actualisé chaque nuit:
  • time_series_covid19_deaths_global.csv
  • time_series_covid19_confirmed_global.csv

  Ce même jeu de données sert à réaliser les graphiques des journaux.

• Les fonds de toutes les cartes proviennent de sites aux sources explicitement libres de droit; ils ont été profondément modifiés par Éric Guichard. Ils restent libres de droits.
• Les populations des pays proviennent, sauf exception, de pages Wikipédia.
• Les taux de reproduction de la pandémie (le R(t)) ont été calculés par Patrice Abry (Ens-Lyon, Cnrs, équipe SISyPhe) et le groupe qu'il a fédéré pour réaliser ce calcul. Cf. http://perso.ens-lyon.fr/patrice.abry/.
  Les sources utilisées pour ces modélisations proviennent
  • d'Hopkins, précité,
  • du European Centre for Disease Prevention and Control (https://www.ecdc.europa.eu)
  • et de Santé Publique France (https://www.santepubliquefrance.fr)

• Les données relatives aux nombres de test proviennent (proviendront) du site Our World In Data (https://ourworldindata.org/coronavirus). Elles se récupèrent quotidiennement à partir de l'URL https://github.com/owid/covid-19-data/tree/master/public/data/.

Précisions légende

• Le choix d'une discrétisation continue des couleurs des pays (échelle en forme de thermomètre) plutôt que discrète (4 ou 5 couleurs, à la façon des géographes) résulte d'une habitude des collègues physiciens que j'ai finalement adoptée. Elle constitue une expérimentation en matière de design graphique qui m'apparaît féconde.

• Les triangles noirs sur les pays sont là pour garder mémoire de la pandémie: s'il y a eu beaucoup de morts (ou de confirmés) en dans un pays en avril et peu en juin, la couleur de ce pays sera verte en ce mois et il sera difficile de le comparer avec un pays en pleine pandémie (en rouge). D'où l'apparition de ces triangles au fil du temps, légendés en bas à droite de la carte. Leur juxtaposition permet de rappeler le tragique des moments vécus.
• À l'opposé, les triangles roses (pour la carte des décès) définissent les pays (ou zones géographiques) sans aucun mort lié à la covid-19.

Méthodes, outils, dissémination

Outils

• Les outils sont déjà explicités dans les pages et journaux référencées à l'URL http://barthes.enssib.fr/coronavirus. Rappelons-les:
  • Des scripts Perl, avec divers appels système Linux,
  • LaTeX, avec un grand usage de Tikz,
  • et des sorties en SVG (XML graphique), pdf, ou html comme ici.
• Certains scripts ont déjà été publiés sur le site Zenodo (https://zenodo.org/record/3763581).
• Les scripts actuels sont plus délicats à mettre en ligne (car adaptés au serveur, liés à une crontab) mais disponibles sur simple demande.
• Le 8 septembre, une amélioration de l'écriture a permis de réduire d'environ 80% la taille des cartes animées (passage de 35 Mo à 7 Mo). Il s'ensuivra à très court terme un chargement plus aisé de ces cartes.

  Par ailleurs, des versions simplifiées de ces cartes seront prochainement publiées: évolution tous les 3 jours, hebdomadaires, etc. Les cartes du R(t) sont en voie d'animation.

Méthodes

• Elles sont relativement simples, à l'exception de celle à l'origine du calcul du R(t), expliquée ici.
• il suffit de jongler avec un système de signes (situation manifeste pour la cartographie) en respectant une grammaire. On pourrait presque considérer que ces méthodes sont littéraires: relevant des exercices oulipotiens. Ces méthodes sont reproductibles: il suffit de lire le code source des fichiers SVG, transparent à sa manière.
• L'auteur de ces lignes est ouvert à toute proposition d'amélioration, transformation, adaptation de ces méthodes.

Dissémination

• Pour rappel, le but principal de l'ensemble des synthèses, analyses, productions, etc. publiées sous l'adresse http://barthes.enssib.fr/coronavirus est d'aider l'ensemble de nos concitoyens et des habitants du monde à mieux comprendre, analyser la pandémie actuelle et à débattre des solutions optimales pour en limiter les méfaits aux plans sanitaire et politique (le second but est d'aider au déploiement de la culture de l'écrit numérique, notamment en SHS, et de favoriser l'interdisciplinarité).
• D'où l'importance des comparaisons (entre périodes, pays, hypothèses), afin de favoriser les questions, de multiplier les éléments de réponse. Avec l'hypothèse forte qu'un débat entre tous (spécialistes des sciences dites sociales, dites exactes et dites intermédiaires, public éclairé, grand public, Français et étrangers, etc.) nous aidera, collectivement, à prendre à bras le corps la pandémie et à proposer des solutions intelleigentes pour accélérer sa résorption.
• Il s'ensuit que les pages qui y sont dédiées peuvent, sans demande d'autorisation, être référencées par quiconque, sur n'importe quel site, blog, via les listes de discussion, les fils de réseaux dits sociaux, etc.

  Elles peuvent même être aspirées, recopiées telles quelles. Deux contraintes: ne pas faire commerce de ces pages, productions et informations, et rappeler systématiquement leurs auteurs, contributeurs, sources. En cas de copie, SVP prévenez l'auteur de ces lignes, accessible via l'adresse Eric point Guichard @ ens-lyon point fr